物流一直都是跨境电商最大的软肋，虽然近年来跨境电商发展迅猛，但物流方面却频频传出爆仓、延误、禁运的消息，且频率越来越高。物流是跨境电商闭环中关键的一环，也是复杂、难把控的一环。
在查询物流信息方面，跨境物流不能像国内物流一样清楚地知道货物的具体城市和中转中心，也不能有效及时地跟踪物流信息。虽然物流服务商会提供给卖家一个物流单号，但是卖家还是无法知道货物运送到哪个港口(机场)，货物运输到了哪里，需要多长时间才能转运货物。订单号。物流信息化水平低、物流信息不对称已成为制约跨境物流发展的瓶颈。
跨境电商物流存在的问题有以下几点：
1、税收问题
由于一些国家对跨境电子商务征收增值税，对于使用过海外仓库库但未登记销售增值税的卖家，如果继续销售，将是非法经营。
2、通关
对于跨境电商物流来说，无论是FBA还是海外仓库，通关都是一个大问题。但是在通关时，往往会出现一些意想不到的情况，比如需要补充资料，甚至会被扣押货物。除了给物流和及时性带来诸多不确定因素外，延长交货时间也会给卖方带来巨大损失。
3、退货
这是跨境电子商务中常见的问题。在跨境电子商务中，顾客对商品不满意或产品受损。此外，FBA的退换货也是一个不可避免的问题。FBA对来货的分类、标签和包装有相应的要求。
4、货损率高
目前跨境电子商务的物流主要以邮政小包的形式实现,但是,由于运输距离长,从物流员工揽件到最后将物品送交到用户的手上需要经历多次的转运,包裹出现破损难以避免,甚至会出现丢件的现象。
跨境电商的发展带动跨境物流，跨境物流的发展为跨境电商的个性化需求提供了良好的平台，两者相辅相成。但是，由于我国跨境物流发展起步较晚，物流服务还存在诸多不足，制约了我国跨境物流的发展。
